Le but de ce projet est de bien saisir le concept d’alignement de séquences protéiques sur des structures 3D connues. En effet, pour une séquence protéique donnée, dont la fonction et la structure sont inconnues, il faudra déterminer après une recherche et comparaison de séquences homologues dans des bases de données, où se trouve, dans la structure, le segment de séquence aligné. À quel résidu correspond le résidu n de la structure dans la séquence requête. Où se situent, dans la structure, les résidus conservés, et enfin quel est le rôle des résidus conservés. Pour cela , il faudra:
- Attribuer une propriété atomique numérotant les résidus d’une structure.
- Définir une propriété atomique pour comparer la séquence de résidus d’une struc- ture avec celle d’une autre séquence après alignement.
- Définir une procédure pour superposer deux structures homologues à la séquence requête.
- Utiliser les procédures développées précédemment pour analyser les structures ho- mologues de la protéine requête xy007. La version 14.6.4 de Jmol a été utilisé pour réaliser ce projet.